[Todos CMAT] Curso Bioinformática

[Hector Musto]

TALLER DE HERRAMIENTAS PARA EL ANÁLISIS DE SECUENCIAS de ACIDOS
NUCLEICOS Y AMINOACIDOS

Este curso está destinado a estudiantes avanzados de las licenciaturas
con perfil biológico de la Facultad de Ciencias (4 año de lic. en
Biología, Bioquímica, Biología Humana), aunque son bienvenidos
estudiantes de otros servicios universitarios y/o áreas del
conocimiento.
Su objetivo es el de proveer un primer contacto con algunas de las
herramientas más usuales del análisis de secuencias de ADN y
Proteínas, junto con sus fundamentos teóricos.

· Temario:
1. Uso de bases de datos sobre la www.
2. Propiedades de secuencias nucleotídicas y aminoacídicas
(composición de bases o aminoácidos, uso de codones, estructuras
secundarias, etc.)
3. Alineamientos
       - Alineamiento de dos secuencias. Algoritmos óptimos y heurísticos,
globales y locales. (Blast, Fasta, Needelman – Wunsch, Smith –
Watermann)
       - Alineamiento de muchas secuencias. Uso de programas (Clustal,
Muscle, Mafft, T-coffee)
4. Inferencia filogenética
- Métodos de distancia, Métodos basados en caracteres
- Uso de software especifico (phyml, MrBayes, Mega, Phylip, etc.)
5. Visualización y análisis de estructuras 3D de proteínas

· Bibliografía
- Leon, D and Markel S. Sequence Analysis in a Nutshell. O'Reilly, 2003.

- Mount, D. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. CSHLP, 2005.
- Korf, I. Yandell, M. Bedell, J. BLAST. O'Reilly, 2003.
- Haubold, B. Wiehe, T. Introduction to Computational Biology An
Evolutionary Approach. Birkhäuser – Springer, 2007

· Modalidad:
Teórico semanal: 1,5 h
Práctico semanal: 3,5 h.
Ronda de presentaciones del trabajo final: 10 h.
Carga horaria semestral total 60 hs.

· Docentes participantes:
Martín Graña, Andrés Iriarte, Héctor Musto, Héctor Romero

· Lugar:
Facultad de Ciencias

· Inscripciones y horarios:
Inscripciones en la Bedelía de Facultad de Ciencias.
Las clases se extenderán desde la última semana de abril hasta junio
por 10 semanas.  Prácticos: Jueves de 9:30 a 13:00, Teóricos a
convenir con los estudiantes. Reunión inicial: martes 17 de abril 10
hs, piso 4, ala norte Facultad de Ciencias.

· Contacto:
eletor en fcien.edu.uy,



-- 
Dr. Hector Musto
Laboratorio de Organizacion y
Evolucion del Genoma
Facultad de Ciencias
Igua 4225
Montevideo 11400
Uruguay
Tel: (+598 2) 525 8618 ext 7138
Fax: (+598 2) 525 86 17
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