[EstudiantesMatemática]Recordatorio: mini curso de posgrado "Biología de sistemas, desarrollo multi-celular y emergencia de enfermedades complejas - fundamentos matemáticos y computacionales."
Pablo Monzón
monzon en fing.edu.uy
Mar Mayo 19 17:33:36 UYT 2015
estimados,
les recuerdo que los posgrados en ingeniería matemática e ingeniería
eléctrica están co-auspiciando el mini curso de posgrado "Biología de
sistemas, desarrollo multi-celular y emergencia de enfermedades complejas",
cuyo programa sigue a continuación.
las clases serán desde el lunes 25 de mayo al viernes 29 de mayo, de 13:30
a 17:30 horas, en el salón 720 de Facultad de Ingeniería.
por cualquier consulta, a las órdenes.
saludos cordiales,
pablo
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*Formulario de Aprobación Curso de Posgrado*
*Asignatura: * *Biología de sistemas, desarrollo multi-celular y emergencia
de enfermedades complejas - fundamentos matemáticos y computacionales.*
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*Profesor de la asignatura : Dr. Juan Carlos Martínez García*
*Profesor investigador del Departamento de Control Automático del Centro de
Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional
(CINVESTAV-IPN), México.*
*Profesor Responsable Local 1 : Dr. Pablo Monzón*
*Profesor Agregado del Departamento de Sistemas y Control, Instituto de
Ingeniería Eléctrica*
*Instituto ó Unidad: Instituto de Ingeniería Eléctrica*
*Departamento ó Area: Sistemas y Control*
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*Fecha de inicio y finalización: 25 al 29 de mayo de 2015 *
*Horario y Salón: Lunes a viernes, de 13:30 a 17:30 horas.*
*Horas Presenciales: 30*
*Nº de Créditos: 5*
*Público objetivo y Cupos: alumnos de posgrado de las Facultades de
Ingeniería y Ciencias.*
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*Objetivos: * Proveer al estudiante de los conocimientos requeridos para
abordar el estudio de los sistemas biológicos a nivel de la dinámica
bioquímica intracelular en el contexto de la biología de sistemas, desde
los enfoques matemáticos y computacionales contemporáneos, priorizando el
estudio de dinámicas de desarrollo de organismos multi-celulares y los
procesos de emergencia de enfermedades complejas.
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*Conocimientos previos exigidos y recomendados: * fundamentos de álgebra
lineal, ecuaciones diferenciales y técnicas básicas de programación
computacional.
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*Metodología de enseñanza: *
Se dictarán 10 horas de clases teóricas, en las que se abordarán los temas
indicados en el temario, incluyendo ejemplos descriptivos. Se dedicarán 10
horas más a la aplicación del conocimiento teórico adquirido, en la
resolución de un problema de modelado matemático y computacional de un
sistema biomolecular complejo como caso de estudio. Se entregará una lista
de ejercicios para realizar por parte del estudiante, como evaluación de la
actividad. Habrá consultas personales durante la semana de clases teóricas
y consultas virtuales luego de la misma.
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Horas clase (teórico): 10
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Horas clase (práctico): 10
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Horas clase (laboratorio): 0
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Horas consulta: 10
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Horas evaluación: 0
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*Subtotal horas presenciales: 30*
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Horas estudio: 20
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Horas resolución ejercicios/prácticos: 30
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Horas proyecto final/monografía: 0
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*Total de horas de dedicación del estudiante: 80*
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Forma de evaluación: Para aprobar la asignatura, los alumnos deberán
resolver una lista de ejercicios que les será entregada durante el curso,
en un tiempo a acordar durante el curso.
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*Temario: *
1.
La biología de sistemas - conceptos básicos.
2.
Fundamentos de la regulación de sistemas bioquímicos intracelulares.
3.
Modelado matemático y computacional de la dinámica bioquímica
intracelular.
4.
Redes genéticas: regulación transcripcional; descripción booleana
discreta.
5.
Restricciones en la dinámica de la regulación transcripcional: el
paisaje epigenético como formalismo para la comprensión cualitativa.
6.
El desarrollo de la estructura floral en A. thaliana como caso de
estudio de procesos de desarrollo en organismos multi-celulares (análisis
de propiedades de robustez ante y de controlabilidad).
7.
Regulación genética y procesos de emergencia de enfermedades
crónico-degenerativas; el cáncer epitelial como caso de estudio.
8.
Desafíos presentes en la construcción de la biología de sistemas de
enfermedades crónico degenerativas; aspectos éticos en el desarrollo de la
biología de sistemas y su aplicación a través de la ingeniería biológica.
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*Bibliografía: *
-
Zoltan Szallasi (Editor), Vipul Periwal (Editor), Jörg Stelling (Editor)
(2010): *System Modeling in Cellular Biology: From Concepts to Nuts and
Bolts*. The MIT Press, Bradford Books.. ISBN-10: 0262514222
-
Uri Alon (2006): *An Introduction to Systems Biology: Design Principles
of Biological Circuits*. Chapman & Hall/CRC Mathematical & Computational
Biology. ISBN-10: 1584886420.
-
Pablo A. Iglesias (Editor), Brian P. Ingalls (Editor) (2009): *Control
Theory and Systems Biology*. The MIT Press. ISBN-10: 0262013347.
-
Robert H. Carlson (2011): *Biology Is Technology: The Promise, Peril,
and New Business of Engineering Life*. Harvard University Press.
ISBN-10: 0674060156.
-
Rob Phillips, Jane Kondev, Julie Theriot (2008): *Physical biology of
the cell*. Garland Science. ISBN 978-0-81534-163-5.
-
Cheng, Daizhan, Qi, Hongsheng, Li, Zhiqiang (2011): *Analysis and
Control of Boolean Networks - A semi-tensor product approach*.
Springer. ISBN
978-0-85729-097-7.
-
Villarreal, Carlos, Padilla-Longoria, Pablo, Alvarez-Buylla, Elena
R. (2012):
General Theory of Genotype to Phenotype Mapping: Derivation of Epigenetic
Landscapes from N-Node Complex Gene Regulatory Networks. Physical Review
Letters 109(11), DOI: http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.109.118102.
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